원천징수란 소득을 지급받는 자가 자신의 세금을 직접 납부하지 않고, 소득을 지급하는 자(원천징수의무자)가 소득 지급 시점에 세금을 미리 징수하여 과세관청에 대신 납부하는 징수 제도를 의미한다.
원천징수의 기본적인 목적은 징수 의무를 소득의 지급자에게 부과함으로써 세수 확보가 편의해지고, 납세자 역시 복잡한 세무 신고를 일정 부분 회피할 수 있다는 장점이 존재한다는 데 있다. 다만 소득자가 직접 신고를 하지 않다 보니 원천징수와 관련된 각종 사고가 발생하는 경우도 존재한다. 대표적으로는 원천징수의무자가 근로자로부터 세액을 원천징수하였으나 이를 과세관청에 신고·납부하지 않는 경우 등이 있을 수 있다.
이러한 경우 원천징수된 세액을 소득을 지급받은 자가 기납부세액으로 공제받을 수 있는지에 대한 쟁점이 발생한다. 과세관청이나 법원에서는 이를 어떻게 해석하고 있는지 살펴보고자 한다.
공제가 가능한 경우
소득세법 집행기준 76-139-1에서는 다음과 같이 규정하고 있다.
원천징수한 세액을 원천징수의무자가 납부하지 아니하였다 하더라도 그 원천징수한 세액의 범위 내에서는 납세의무자는 면책되는 것으로 객관적으로 확인되는 경우에는 기납부세액으로 공제할 수 있다.
이와 관련하여 조세심판원 역시, 원천징수의무자가 소득금액을 지급하면서 실제로 원천징수가 이루어진 경우에는 원천징수의무자가 동 세액을 세무관서에 납부하지 아니하였다 하더라도 그 원천징수한 세액의 범위 내에서는 납세의무가 면제된다고 판시한 바 있다. (조심2012서 986, 2012.07.04)
따라서 기본적으로는 원천징수의무자가 근로자로부터 세액을 원천징수하고 납부하지 않았다고 하더라도, 소득을 지급받은 납세의무자는 이를 납부한 것으로 보아 기납부세액으로 공제할 수 있다.
공제할 수 없는 경우
다만 무조건적으로 면책되는 것은 아니며, 다음과 같은 경우에는 소득을 지급받는 자에게도 원천징수가 이루어지지 않았다고 보아 기납부세액으로 공제할 수 없다.
(1) 원천징수 영수증 등을 통해 확인할 수 없는 경우
조세심판원은 원천징수의무자인 법인의 재무 상태 등을 고려할 때 실제로 원천징수하여 납부할 의사가 없었으며, 실제 차감 지급내역이 확인되지 않아 원천징수한 사실이 객관적이지 않은 경우에는 기납부세액공제를 배제한다고 판시한 바 있다. (조심2023인 9977, 2023.12.13)
따라서 원천징수를 했다는 실질적인 증빙이 존재하여야, 과세관청에 납부가 이루어지지 않았더라도 기납부세액으로 공제가 가능한 것으로 판단된다.
(2) 원천징수 대상이 아닌 소득을 원천징수한 경우
부동산매매업에 대한 사업소득을 지급하면서 원천징수를 하였으나, 부동산매매업과 관련된 사업소득은 원천징수 대상 사업소득이 아니며 이에 대한 신고·납부 내역도 없는 점 등에 따라 원천징수된 세액을 기납부세액으로 공제하지 않는다고 판시한 바 있다. (심사소득 2013-46, 2013.07.26)
즉 법에서 열거된 원천징수 의무에 대하여만 원천징수가 가능한 것으로 해석할 수 있다. (세법상 열거주의)
(3) 원천징수 대상이 아닌 소득을 원천징수한 경우
회사의 특수관계인인 주주에게 이자소득을 지급하면서 원천징수를 진행하였으나 납부를 하지 않은 건에 대하여, 특수관계인의 경우 회사의 자금 사정 등에 대하여 자세히 알고 있었을 것으로 보이므로 기납부세액 공제를 배제한 판례가 존재한다. (2021부1366)
해당 판례는 원천징수의무자의 특수관계인의 경우에는 미납된 원천징수에 대한 일종의 연대책임으로 공제가 배제되는 것으로 추정할 수 있다. 다만 해당 조세심판원 판례는 현재 고등법원에서 공제가 불가능하다는 판결을 받았으나(부산고법 2022누22866) 대법원에서 아직 재판이 진행 중인 케이스에 해당하므로, 향후 판결 결과를 지켜볼 필요성은 있다.
결론
결론적으로 회사가 원천징수를 한 경우 일반적으로는 소득의 귀속자의 납세의무는 면책되는 것으로 볼 수 있다. 다만 특수한 경우로써 원천징수에 대한 내용이 확인되지 않거나, 원천징수 대상 소득이 아닌 경우, 원천징수의무자의 특수관계인인 경우 등에는 납세의무가 면책되지 않을 수 있음을 확인하여야 한다.